צמח מים מתוקים, הגדל במים זורמים או במקווי מים עומדים. עלי הנופר שקועים במים, צפים בהם או מזדקרים מעליהם. העלים הבוגרים הנמצאים מעל המים הם רחבים ובעלי מבנה דומה לספוג, המאפשר להם לצוף במים. הנופר פורח בקיץ, כמו רבים מצמחי המים, כאשר המים מתחממים. בעבר היה הנופר נפוץ בנחלי מישור החוף, בימת החולה ובמקווי מים אחרים. בשל הצטמצמות שטח בתי הגידול הלחים ובשל זיהומם, נפגעה גם אוכלוסיית הנופר הצהוב. כיום הוא נמצא בארץ בסכנת הכחדה חמורה ומוכרז צמח מוגן. במקורות הירקון ניתן לפגוש אותו בברכת הנופרים.